Oltre all'applicazione senza diritto delle agevolazioni e alla mancata registrazione (o rinnovo) dei contratti di locazione, la sanatoria ha un probabile effetto in campo "immobiliare" per tre tipi di atti. .

Trasferimenti di terreni edificabili. In tal caso, infatti, non è possibile l'applicazione delle stime automatiche, basate su un valore catastale ottenuto dalla moltiplicazione della rendita catastale per un certo parametro. E' il contribuente stesso che è tenuto a dare un valutazione "di mercato" dell'area. Su tale valore l'acquirente sarà costretto a versare le eventuali imposte sui trasferimenti e il venditore a pagare l'imposta sul capital gain da rivendita, prevista nell'ambito dei redditi diversi dal Testo Unico delle imposte sui redditi. Un ulteriore motivo che potrebbe aver indotto a tener bassa la stima è il fatto che il proprietario dell'area edificabile deve pagare, sul valore auto-stimato, anche l'Ici (imposta comunale sugli immobili), in base ad aliquote che i comuni tendono a tenere piuttosto alte. Il che ha un ulteriore conseguenza: non sono solo gli uffici Finanze ad essere interessati a chiedere la rettifica di valori troppo bassi denunciati per le aree edificabili, ma anche gli uffici delle entrate dei comuni. Ciò rende più rischioso la per il contribuente denunciare valori sottostimati. Tuttavia va ricordato che la Finanziaria 2002 ha concesso, e la Finanziaria 2003 ha da ultimo prorogato, la possibilità di rivalutare il valore dei terreni agricoli divenuti edificabili entro il 16 maggio 2003, pagando un'imposta sostitutiva del 4%. Si tratta di una misura largamente favorevole al contribuente: chi ha potuto o voluto aderirvi, ha meno interesse ad entrare in conflitto con il Fisco, stimando per il terreno un valore troppo basso.

Trasferimenti di aziende o di diritti reali su di esse. In tali trasferimenti entrano in gioco, oltre agli eventuali valori immobiliari, anche il valore dell'avviamento, quello delle quote e partecipazioni e così via. Anche in questo caso, comunque è applicabile la valutazione automatica per gli immobili, purché per essi siano indicati valori distinti (risoluzione entrate n. 105/1998), nel qual caso la strada del condono è sbarrata.

Trasferimenti nei quali il contribuente ha escluso di voler avvalersi della definizione automatica dei valori Si tratta di situazioni poco comuni, ma non rarissime. In genere infatti il valore catastale di un immobile è notevolmente inferiore a quello reale e il calcolo automatico è preferibile. Tuttavia può capitare che la stima automatica catastale sia eccessiva e che il contribuente abbia preferito il rischio della lotta con il Fisco alla certezza di pagare troppo. E' il caso, per esempio di molti negozi, che hanno rendite catastali piuttosto elevate e che in talune zone della città hanno perso valore, causa la crisi della piccola distribuzione. Oppure di immobili coinvolti, per i più disparati motivi, in un crollo delle proprie quotazioni (disastri naturali eccetera).