Per risolvere le liti gli affitti stipulati ai sensi del canale concordato, tutti gli accordi territoriali prevedono l'intervento di una Commissione di Conciliazione, composta dai rappresentanti sindacali di proprietari e inquilini. Il meccanismo è quasi sempre questo: uno dei componenti è nominato dall'associazione dei proprietari, l'altro da quella degli inquilini ed entrambi possono nominarne anche un terzo, con funzione di presidente, per dirimere eventuali contrasti.

Il ricorso alla Commissione non è, né del resto potrebbe essere, obbligatorio, anche se esistono alcuni accordi locali che lo impongono, per scarsa conoscenza delle leggi esistenti..

Resta comunque dubbio che il giudizio dato dalla Commissione stessa sia inappellabile: se una delle due parti decide di andare comunque in giudizio, può farlo. Infatti i componenti della Commissione, essendo rappresentanti delle parti (sindacati dei proprietari e degli inquilini) non possono assicurare l'imparzialità prevista dalle leggi per una commissione di conciliazione stragiudiziale propriamente detta. Se ne deduce che la Commissione è un organo atipico, il cui intervento può, in qualche caso, risolvere una controversia e, in altri, duplicare i tempi del giudizio. E' interessante notare che la Commissione di Conciliazione ha quasi sempre un'altra funzione: infatti, in caso di variazioni dell'imposizione fiscale in più o in meno, il proprietario o l'inquilino danneggiato ha la facoltà di rivolgersi alla Commissione stessa, "la quale", come dicono i commi contrattuali, " determinerà nel termine perentorio di novanta giorni il nuovo canone, a valere fino alla cessazione del rapporto contrattuale, ivi compreso l’eventuale periodo di proroga biennale, o fino a nuova variazione" dell'imposizione fiscale stessa In questo caso, il giudizio potrebbe essere anche vincolante, a patto però che entrambe le parti siano d'accordo nel rimettere alla Commissione la nuova determinazione del canone. Non è chiaro, comunque, cosa accada se l'accordo non viene raggiunto.

C'è infine da chiedersi se sia possibile, se entrambe le parti sono d'accordo, rivolgersi alla stessa Commissione di Conciliazione per dirimere contrasti anche se si è concluso un contratto di locazione a canone libero. La risposta è: probabilmente sì.